木瓜蛋白酶是从木瓜中提取的一种活性酶，其用途非常广泛，主要体现在以下几个方面：
一、食品加工领域
肉类嫩化：木瓜蛋白酶能够裂解肉类中的胶原蛋白和肌肉纤维，使肉的结构松散，变得嫩滑，并简化蛋白质结构使人体食用后易于消化吸收。
啤酒澄清：利用木瓜蛋白酶对形成混浊的蛋白质有广泛的特异性，能把大分子的蛋白质降解成小分子的物质，提高蛋白质与多元酚复合物的溶解度，从而防止啤酒的冷藏混浊。
其他食品加工：木瓜蛋白酶还用于水解动植物蛋白、制成嫩肉粉、酱油酿造以及酒类发酵剂等。
二、化妆品和个人护理领域
美白嫩肤：将木瓜蛋白酶加入到含有蛋白质和油脂的化妆品中，具有美白嫩肤、美颜保健、改善肌肤等功效。
脱毛剂：利用木瓜蛋白酶制成的脱毛剂，具有使毛孔细腻、皮纹光亮的效果。
三、饲料添加剂
木瓜蛋白酶能提高饲料的利用率，节约成本，有助于家畜消化，加速其生长。
四、科研应用
细胞培养：木瓜蛋白酶可用于细胞培养实验，在准备细胞培养液的第一步中被用于分离细胞。
免疫学应用：在免疫学中，木瓜蛋白酶可被用于将免疫球蛋白（即抗体）的Fc片段（可结晶）和Fab片段（抗原结合）切割开。
木瓜蛋白酶还被用于香皂、肥皂、洗涤剂以及洗衣粉等的制造中。
